Verifactu para fisioterapeutas: IVA, bonos y facturas
Un fisioterapeuta no debe configurar toda su actividad como exenta de IVA solo por ser profesional sanitario: la operación concreta debe consistir en asistencia a una persona para diagnóstico, prevención o tratamiento. Las sesiones que cumplen esas condiciones siguen necesitando factura, también cuando paga una mutua, y conviene separar agenda, bono, información clínica, cobro y documento fiscal.
Esta guía parte del supuesto de que utilizas un sistema informático para expedir facturas en territorio común. El SII, los territorios forales y determinadas operaciones excluidas pueden cambiar el resultado; revisa primero el comprobador y las fuentes oficiales enlazadas al final.
Situaciones habituales en fisioterapeutas
- Tratamiento sanitario: confirmar la finalidad asistencial y utilizar el concepto y la configuración fiscal revisados para esa prestación.
- Bienestar, masaje no terapéutico o rendimiento: mantenerlos como servicios diferenciados; la titulación del profesional no los convierte automáticamente en asistencia sanitaria exenta.
- Sesión particular: enlazar cita, cobro y factura sin copiar la historia clínica ni introducir dos veces al paciente.
- Bono o programa de rehabilitación: documentar el pago y controlar aparte las sesiones consumidas, canceladas o pendientes.
- Mutua, aseguradora o empresa: identificar paciente, contratante, pagador y destinatario fiscal, y conservar la autorización o referencia del expediente.
- Visita a domicilio: registrar desplazamiento y servicio sin asumir que cualquier factura de fisioterapia admite el límite especial de 3.000 € de la factura simplificada.
Cobrar un bono sin mezclar factura e historia clínica
- Confirmar la finalidad del servicio y la configuración fiscal revisada para ese tratamiento.
- Identificar al paciente, al pagador y al destinatario fiscal con los datos necesarios.
- Registrar el cobro anticipado y emitir desde facturación el documento que corresponda.
- Crear el saldo del bono en la agenda, enlazado mediante una referencia interna.
- Descontar o devolver sesiones solo en el control operativo, sin modificar la factura.
- Guardar diagnóstico, evolución y notas en la historia clínica, fuera del documento económico.
- Si cambia el importe o destinatario de una factura emitida, aplicar la corrección documentada que proceda.
El ejemplo describe el flujo de trabajo, no decide el IVA, la retención ni el momento fiscal aplicable a un caso concreto.
Qué debería resolver el programa
- Catálogo separado para tratamiento sanitario, otros servicios, desplazamientos y productos, con la configuración fiscal revisada de cada concepto.
- Enlace operativo entre agenda, cobro y factura que no duplique la emisión ni convierta una cita en factura sin revisión.
- Control de bonos y sesiones pendientes sin alterar facturas ya expedidas.
- Campos distintos para paciente, contratante, pagador y destinatario fiscal cuando no coinciden.
- Referencias de autorización, mutua o expediente que permitan conciliar servicios sin exponer información clínica.
- Perfiles separados para recepción, profesionales y asesoría, con el mínimo acceso necesario.
- Rectificaciones trazables: nunca borrar o reescribir una factura por una cancelación, devolución o cambio de pagador.
- Identificación clara de cuál de las herramientas de agenda, clínica, TPV o cobro es el sistema que realmente expide las facturas.
Antes de contratar, pide al proveedor la declaración responsable de la versión que vas a usar y prueba este flujo con un borrador.
La fisioterapia es una profesión sanitaria regulada
La Ley 44/2003 incluye Fisioterapia entre las profesiones sanitarias tituladas y reguladas. Su artículo 7 atribuye a los fisioterapeutas cuidados propios de su disciplina mediante tratamientos con medios y agentes físicos, dirigidos a la recuperación y rehabilitación de personas con disfunciones o discapacidades somáticas, así como a su prevención.
Esta condición profesional es relevante, pero no permite asignar una única configuración fiscal a todo el catálogo. El programa debería distinguir el tratamiento asistencial de otras prestaciones, como bienestar general, rendimiento o venta de productos, para que cada operación se revise por su naturaleza real.
La exención de IVA depende de lo que se hace en esa sesión
La AEAT explica que la asistencia a personas físicas prestada por profesionales médicos o sanitarios está exenta cuando consiste en diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades. Por eso hay que comprobar tanto la condición de quien presta el servicio como la finalidad de la prestación concreta; el rótulo «fisioterapia» en la agenda no resuelve por sí solo el tratamiento fiscal.
Una sesión destinada a recuperación o rehabilitación sanitaria puede cumplir esas condiciones. En cambio, un masaje sin finalidad terapéutica, una actividad de bienestar, preparación física o un servicio puramente estético no deben marcarse automáticamente como exentos. Crea conceptos separados y confirma con la asesoría el tratamiento del caso real antes de emitir.
Que pague una mutua no decide por sí solo la exención
La AEAT señala que, cuando el servicio sanitario cumple las condiciones de la exención, es indiferente que lo abone el propio paciente, una sociedad médica o el hospital titular de la actividad. El medio de cobro o la identidad de quien transfiere el dinero no cambian por sí solos la finalidad de la asistencia.
Sí debes distinguir los papeles de cada parte. La persona tratada puede ser distinta de quien contrata o paga y del destinatario fiscal que debe figurar en la factura. Guarda la autorización, el número de expediente y las sesiones aceptadas como referencias operativas, sin convertirlos en diagnósticos visibles en el documento económico.
Una sesión sanitaria exenta sigue necesitando factura
La regla general permite no expedir factura en algunas operaciones exentas del artículo 20 de la Ley del IVA, pero la AEAT excluye expresamente de esa excepción los servicios sanitarios y de hospitalización. Por tanto, la cita, el recibo de tarjeta, la autorización de la mutua o el justificante de una aplicación no sustituyen la factura de la sesión.
Emite y conserva el documento que corresponda incluso cuando no se repercuta IVA. Si para hacerlo utilizas un sistema informático incluido en el ámbito del RRSIF, la exención de la operación no evita por sí sola los requisitos del sistema de facturación.
Bonos: factura el pago y controla las sesiones por separado
La AEAT incluye con carácter general los pagos anticipados entre los supuestos que deben facturarse. Si el paciente paga por adelantado un bono o programa, no esperes automáticamente a la última sesión: registra el cobro y expide el documento que corresponda según la operación acordada.
El bono necesita además su propio control de saldo. La agenda puede descontar una sesión realizada o devolver una sesión cancelada, pero esos movimientos no deben reescribir la factura. Relaciona pago, documento, citas y saldo mediante referencias, y utiliza el procedimiento de rectificación cuando haya que corregir una factura ya emitida.
No todas las sesiones admiten factura simplificada hasta 3.000 €
La AEAT fija un límite general de 400 € IVA incluido para expedir factura simplificada. El límite de 3.000 € se reserva a una lista de operaciones concretas; la fisioterapia realizada en clínica no aparece como categoría propia, por lo que no debe utilizarse ese umbral solo por tratarse de un paciente particular o de un servicio sanitario.
La lista sí incluye las prestaciones de servicios a domicilio del consumidor. Si realizas una visita domiciliaria, comprueba que la operación encaja realmente en ese supuesto y que no supera el límite; no traslades esa posibilidad a las sesiones del centro. Cuando el destinatario necesite ejercer un derecho tributario o lo solicite para ello, revisa además los datos adicionales exigibles.
La factura no debe revelar la historia clínica
La AEPD exige aplicar por defecto el principio de minimización: tratar solo los datos necesarios, con la mínima extensión, conservación y accesibilidad. Facturación necesita identificar la operación, pero no necesita copiar la lesión, el diagnóstico, las pruebas, fotografías, evolución, ejercicios ni notas de cada sesión.
Usa conceptos generales como «sesión de fisioterapia» o «tratamiento de fisioterapia» y una referencia interna suficiente para conciliar. Conserva la historia clínica en el entorno asistencial, con permisos propios, y limita lo que recepción, asesoría, pasarela de pago o software contable pueden consultar.
Decide qué herramienta es realmente tu sistema de facturación
Una clínica puede usar a la vez agenda online, historia clínica, TPV, pasarela de cobro y contabilidad. No todas las herramientas son necesariamente el sistema informático de facturación: revisa cuál expide las facturas, genera sus registros y gobierna las rectificaciones según las funciones reales de cada aplicación.
El flujo más seguro asigna un único origen a la emisión. Las demás herramientas envían la cita, el paciente, el cobro o la autorización como datos de apoyo, pero no vuelven a crear la factura. Pide al proveedor su declaración responsable y prueba altas, cancelaciones, devoluciones, bonos y cambios de pagador antes de migrar.
Comprobaciones específicas para fisioterapeutas
- Profesión sanitaria: la Ley 44/2003 reconoce Fisioterapia como profesión sanitaria titulada y regulada, y atribuye al fisioterapeuta cuidados propios mediante medios y agentes físicos para recuperación, rehabilitación y prevención.
- Finalidad del servicio: la AEAT limita la exención a la asistencia a personas físicas que consista en diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades. Un masaje de bienestar, una actividad de rendimiento o un servicio meramente estético no heredan la exención por el título del profesional.
- Pagador distinto: la AEAT indica que, si la prestación reúne las condiciones sanitarias, es indiferente que la pague el paciente, una sociedad médica o un hospital. Aun así, destinatario, contrato y factura deben quedar identificados correctamente.
- Factura obligatoria: la excepción general aplicable a muchas operaciones exentas del artículo 20 excluye los servicios sanitarios y de hospitalización. Exento de IVA no significa exento de factura.
- Bonos y anticipos: la AEAT incluye con carácter general los pagos anticipados entre los supuestos que deben facturarse. El saldo de sesiones pertenece al control operativo y no justifica modificar el documento ya expedido.
- Factura simplificada: la regla general permite utilizarla hasta 400 € IVA incluido. El límite de 3.000 € solo cubre las operaciones enumeradas; una sesión en clínica no entra por el simple hecho de ser fisioterapia.
- Visita a domicilio: la lista de operaciones hasta 3.000 € incluye servicios prestados en el domicilio del consumidor. Comprueba que el caso real encaje y no extiendas ese límite a la actividad completa ni a sesiones en clínica.
- Privacidad: la factura debe describir el servicio sin incluir diagnóstico, lesión, evolución, pruebas, imágenes ni notas de la historia clínica que no sean necesarias para la finalidad económica.
- Verifactu: agenda, historia clínica, TPV y pasarela pueden intercambiar datos, pero hay que identificar qué sistema informático expide la factura y evitar que dos herramientas generen el mismo documento.
Lleva estos casos al plan de adaptación imprimible: podrás pedir la evidencia de la versión, ejecutar una corrección y comprobar la salida de datos sin limitar la elección al precio.
Tus fechas límite
Si estás dentro del RRSIF y operas como autónomo: 1 de julio de 2027. Si el obligado es una sociedad sujeta al Impuesto sobre Sociedades: 1 de enero de 2027. Durante 2026 el envío de registros a la AEAT funciona como periodo voluntario de pruebas.
Si hoy emites desde una plantilla, revisa las guías sobre Excel y Word: la AEAT distingue según las funciones y el uso real, no solo por el nombre de la herramienta.
Actividades con procesos relacionados
Fuentes oficiales y revisión
Contenido revisado el a partir de fuentes primarias. Los enlaces llevan al texto oficial vigente o a la información del organismo competente.
- AEAT: guía oficial sobre VERI*FACTU
- BOE: Real Decreto-ley 15/2025 (plazos de 2027)
- AEAT: facturas completas y simplificadas
- BOE: Reglamento de obligaciones de facturación
- AEAT: tipos impositivos de IVA vigentes
- AEAT: quién debe practicar retenciones
- BOE: Ley 37/1992 del IVA
- BOE: Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias
- AEAT: exenciones en operaciones médicas y sanitarias
- AEAT: excepciones a la obligación de facturar
- AEAT: obligación general de expedir factura y anticipos
- AEAT: límites y contenido de las facturas simplificadas
- AEAT: cuándo emitir una factura rectificativa
- AEAT: FAQ sobre el ámbito de aplicación de los SIF
- AEPD: protección de datos por defecto y minimización